Contratado em 2021 junto ao Timão, Cafú foi responsável pelo primeiro gol da equipe mato-grossense na história da Série A do Campeonato Brasileiro. O tento foi marcado no empate em 2 a 2 com o Cuiabá, na estreia do Brasileirão daquele ano.
Além do gol histórico, Jonathan sempre foi peça importante no elenco auriverde. Com a camisa do Cuiabá, o atacante já disputou 109 jogos, sendo 68 como titular, e balançou as redes em 12 oportunidades.