Jonathan Gómez teve passagem pelo Brasil entre 2017 e 2020. Inicialmente contratado pelo Tricolor Paulista, o meia não vingou e passou por empréstimos no nordeste, além de ter sido cedido também para o futebol saudita na época.
Nas últimas temporadas, Jonathan Gómez jogou pelo Racing, onde era titular. O Rosario Central se classificou para a Libertadores como campeão da Copa da Liga Argentina. Além do clube, River Plate, Godoy Cruz, Tallers, Estudiantes e San Lorenzo representam a Argentina na competição.