Em duas temporadas no time francês, Fonseca teve o quarto posto no nacional como melhor resultado. A equipe ainda atingiu as quartas de final da Liga Conferência, onde caiu para o Aston Villa.
Com 51 anos de idade, Paulo Fonseca passou ainda por Braga, Shakhtar Donetsk e Roma, onde chegou às semifinais da Liga Europa em 2020/21. A equipe foi eliminada pelo vice-campeão, o Manchester United.