Fernando está no Sevilla desde 2019. Com passagem curta no Brasil, atuando somente pelo Vila Nova, clube que o revelou, Fernando logo voou para a Europa, onde construiu sua carreira.
Em Portugal, o volante acumulou longa passagem pelo Porto além de ter jogado por empréstimo no Estrela Amadora. Destaque por lá, Fernando foi negociado com o Manchester City, onde ficou por três temporadas. O brasileiro ainda acumulou uma passagem pelo Galatasaray, da Turquia, antes de se transferir para o Sevilla.