Revelado pelo Mirassol, o defensor se destacou no interior paulista e passou por clubes como Grêmio Prudente, Juventus Maringá e CSA até ser contratado pelo Furacão.
Com a camisa rubro-negra, Matheus Felipe alternou entre bons e maus momentos. Em duas temporadas pelo Athletico, o zagueiro disputou 56 jogos, sendo 40 como titular, e marcou dois gols.