Matheus Fernandes pertencia ao Palmeiras e estava emprestado ao Massa Bruta até o fim de 2023, com opção de compra. Com o novo acordo, o jogador assinou contrato pelo Bragantino até o fim de 2027.
Revelado pelo Botafogo, Matheus Fernandes chegou a ser negociado com o Barcelona, mas fez apenas um jogo pelo clube antes de voltar ao Brasil, justamente para o Palmeiras. No Bragantino, atuou em 55 jogos em 2023, com um gol e três assistências.