No Brasil, Eduardo se destacou pelas suas passagens por Atlético-MG e Internacional, antes de rumar ao continente europeu. Em 2019, o volante brasileiro acertou sua ida ao Sporting, mas atuou no clube luso por apenas uma temporada, participando de 22 jogos.
Na últimas duas temporadas, o brasileiro acabou cedido por empréstimo para o Crotone da Itália e o Al Raed, da Arábia Saudita. Para 2024, Eduardo Henrique será reforço do Qingdao e disputará a Superliga Chinesa no recém-provido à elite nacional.