Facundo Castro niciou sua carreira no Defensor Sporting, do Uruguai, em 2014. Depois, teve uma rápida passagem pelo Brescia/ITA e retornou ao Defensor na temporada 2017, quando atuou com Arrascaeta, ídolo do Flamengo. Em seguida, transferiu-se para o Necaxa/MEX, em 2019. No mesmo ano, foi negociado junto ao O´Higgins, do Chile.
Desde 2019 no O´Higgins, Facundo Castro somou 130 jogos, com 23 gols e 22 assistências. O atacante geralmente costuma atuar como ponta direita.
O atacante uruguaio é a oitava contratação do Ceará, que neste ano vai disputar Campeonato Cearense, Copa do Nordeste, Copa do Brasil e o Campeonato Brasileiro Série B.