Ndombélé se profissionalizou no Amiens, e teve grande destaque pelo Lyon. Em duas temporadas, somou 96 jogos, quatro gols e 15 assistências pelo clube. Foi, então, negociado pelo Tottenham. Mas viveu de altos e baixos em Londres.
Fora dos planos em 2022, foi emprestado ao Lyon e passou, na sequência, por Napoli e Galatasaray, seu último clube. Agora, volta para a liga que um dia já foi sua casa.