Com apenas 19 anos, o meio-campista fez parte do plantel do Galo na atual edição da Copa São Paulo de Futebol Júnior. Ele atuou em três partidas, com dois gols e uma assistência.
Nas categorias de base do Atlético desde o Sub-15, Yan Philippe fez apenas uma partida pela equipe profissional. Em 2022, o meia entrou em campo em partida do Brasileirão contra o Botafogo.